- مجمع عمومی
مجمع عمومی متشکل از کلیه اعضاء انجمن فارغ التحصیلان می باشند که هر دو سال یکبار تشکیل جلسه خواهند داد و به استماع گزارش فعالیت های انجمن و ارائه انتقادات و پیشنهادات می پردازند. - مجمع نمایندگان ادوار
مجمع نمایندگان ادوار متشکل است از ۵ نفر از اعضاء هر دوره فارغ التحصیلی که از اعضاء مؤثر ، شاخص و مورد وثوق دوره خود هستند و ترجیحاً در برگیرنده اقشار گوناگون هر دوره محسوب می شوند و از طریق برگزاری انتخابات فراگیر و اطلاع رسانی به طرق مختلف در هر دوره، هر دو سال یکبار انتخاب می شوند.
- هیئت نظارت
هیئت نظارت متشکل است از دبیر هیئت نظارت و چهار نفر دیگر که به اکثریت آراء اعضاء مجمع نمایندگان ادوار از خود آنها انتخاب می گردد.
- شورای مرکزی
شورای مرکزی تشکیل شده است از یک نفر از هر دوره فارغ التحصیلی که از میان ۵ نفر عضو مجمع نمایندگان ادوار آن دوره انتخاب می گردد و همچنین یک نفر به عنوان عضو علی البدل معرفی می گردد.
- هیئت اجرایی
هیئت اجرایی مسئولیت اجرای مصوبات شورای مرکزی را به عهده دارد و ریاست آن به عهده مدیر اجرایی است.
- عضو
هر فرد فارغ التحصیلی که حداقل یک سال در مدرسه شهدای مؤتلفه اسلامی مشغول به تحصیل بوده و اساسنامه مجمع را پذیرفته و مراحل عضویت را طی کرده باشند، عضو انجمن خواهند بود.